Взаимодействие лабораторий ЛПМО и научных лабораторий, выполняющих функции референсных центров.
Учитывая технические и методические возможности, имеющиеся в лабораториях Л11МО и научных организаций, представляется целесообразным дифференциация видов исследований на различных уровнях (этапах) проведения молекулярно-генетического мониторинга.
На первом этапе в рамках рутинного микробиологического мониторинга (мониторинга антибиотикорезистентности), проводимого в ЛПМО, отбираются штаммы, имеющие идентичный или сходный профиль внутривидового типирования, проведенного с использованием методов, доступных лаборатории ЛПМО (антибиотикотипирование, фаготипирование и т.п.). Затем данные штаммы подвергаются генетическому 34
типированию доступными методами, основанными на ПЦР (MLVA, RAPD). Штаммы, отнесенные к одной и той же клональной линии по результатам генетического типирования с учетом данных эпидемиологического наблюдения в стационаре, могут быть интерпретированы как госпитальные штаммы. Генетическое типирование на данном этапе могут выполнять как лаборатории стационаров, использующие в своей практике метод ПЦР, так и лаборатории, выполняющие функции региональных центров по мониторингу за возбудителями внутрибольничных инфекций (референс-лаборатории). Следующий этап предполагает типирование репрезентативных выборок из наиболее распространенных в стационарах региона госпитальных штаммов методами основанными на секвенировании-типировании (spa-сиквенстипирование, MLVA), методом PFGE или иными методами с высокой дискриминирующей способностью. В результате, региональные и национальные референс-лаборатории получают возможность осуществлять слежение за динамикой распространения в регионе штаммов, отнесенных к международным клональным линям (эпидемическим или пандемическим клонам).
Таким образом, локальный молекулярно-генетический мониторинг включает идентификацию госпитальных штаммов методами, основанными на ПЦР(MLVA, RAPD). Молекулярно-генетический мониторинг, осуществляемый на региональном и национальном (глобальном) уровнях, должен быть направлен на идентификацию эпидемических клонов, анализ их происхождения и связи с другими географическими регионами с использованием международных баз данных.
Передача микроорганизмов в референс - лабораторию должна осуществляться при наличии показаний к молекулярно-генетическому типированию, представленных в п.8.1. При необходимости длительного хранения культур от момента выделения до отправки в референс - лабораторию выделенные микроорганизмы следует хранить в лаборатории ЛПМО в пробирках со средой для хранения (например триптазо-соевом бульоне с добавлением 15% глицерина) при температуре -18 - 20 ° С (в морозильной камере
холодильника). Допустимо также хранение культур в столбиках полужидкого агара при температуре +4 - +7 ° С.
Лаборатории ЛПМО предоставляют культуры в пробирках в столбиках полужидкого агара или используют для передачи культур транспортные системы с транспортной средой (например, со средой Стюарта).
Информация о передаваемых культурах
Каждая культура должна сопровождаться направлением, содержащим информацию о больном, сведения о характере гнойно-септической инфекции, обусловленной
выделенным микроорганизмом, о предполагаемых факторах риска колонизации данным микроорганизмом.
Информация о пациентах является конфиденциальной и поэтому, в графе ФИО приводятся только инициалы пациента, которые будут зашифрованы в процессе дальнейшей обработки данных.
Далее указываются наименование учреждения и лаборатории, ФИО лица, направившего культуру, номер культуры по журналу и дата ее отправки в референс- лабораторию.
Образец карты сбора информации на культуру микроорганизма, передаваемую в референсную лабораторию приведен в приложении 2.
Референсная лаборатория предоставляет заинтересованным сторонам заключение по результатам проведенных исследований, в котором должна быть представлена следующая информация:
- количество изученных полученных культур микроорганизмов;
- краткое описание используемой методики генотипирования с указанием используемого оборудования и программного обеспечения, при использовании метода прямого секвенирования — размеров и расположения анализируемых участков генома;
- при использовании методик, результаты которых имеют форму паттернов (фингерпринтов) (MLVA, PFGE) — графическое представление полученных результатов в виде электрофореграммы и дендрограммы (филогенетического дерева), полученной в результате анализа паттернов типирования.
10.
Еще по теме Взаимодействие лабораторий ЛПМО и научных лабораторий, выполняющих функции референсных центров.:
- МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ МОНИТОРИНГ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ИСМП, ПРОВОДИМЫЙ В ЛАБОРАТОРИЯХ, ВЫПОЛНЯЮЩИХ ФУНКЦИИ РЕФЕРЕНСНЫХ.
- Организация работы микробиологической лаборатории
- Почему тест на коронавирус могут провести только специализированные лаборатории? Почему для теста на коронавирус нельзя взять пробу на дому?
- Роль Дальневосточного окружного Центра Минздрава России но профилактике и борьбе со СПИДом в осуществлении научно-методической профилактической работы.
- СТАНОВЛЕНИЕ НАУЧНОЙ КЛИНИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЫ. НАУЧНЫЕ КЛИНИЧЕСКИЕ ШКОЛЫ В ОТЕЧЕСТВЕННОЙ ХИРУРГИИ И ПЕДИАТРИИ, НЕВРОЛОГИИ И ПСИХИАТРИИ: вторая половина 19-го века
- Общие требования к организации микробиологического мониторинга чувствительности/устойчивости микроорганизмов, циркулирующих в ЛПМО.
- РЕЗУЛЬТАТЫ НАБЛЮДЕНИЯ ЗА ПАЦИЕНТАМИ С БРОНХОЭКТАТИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНЬЮ ПО ДАННЫМ ПУЛЬМОНОЛОГИЧЕСКОГО ЦЕНТРА Г. ВЕЛИКИЙ НОВГОРОД
- ГЕНЕТИЧЕСКИЕ И НЕГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ ВИРУСАМИ
- МИКРОБИОТА ЛЕГКИХ И АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТЬ СИНЕГНОЙНОЙ ПАЛОЧКИ У ДЕТЕЙ ОМСКОГО ЦЕНТРА МУКОВИСЦИДОЗА
- Взаимодействие причин
- Взаимодействие вируса с клеткой
- НАУЧНЫЕ ВИРУСОЛОГИЧЕСКИЕ УЧРЕЖДЕНИЯ В СССР
- Меры по защите персонала, непосредственно взаимодействующего с зараженными COVID-19
- § 2.2. Взаимодействие государственных учреждений и общественных организаций в области медицины земского периода
- Индикация специфических взаимодействий моноклональных антител с мононуклеарными клетками крови
- Научная новизна
- ЭПИДЕМИЧЕСКИЙ ПРОЦЕСС В ЭПОХУ НАУЧНО-ТЕХНИЧЕСКОГО ПРОГРЕССА
- Научное обоснование народной медицины